بخش مرجع در حال حاضر داراي 30640 جلد كتاب بوده كه از اين تعداد 28393 جلد كتاب فارسي و  2247 جلد كتاب لاتين است. اين بخش وظايفي از قبيل سفارش و نگهداري كتابهاي مرجع، فرهنگها، دايره المعارفها، دستنامه ها، اطلسها، نقشه ها، كتـابهاي نفيس و گـرانبها، كتب كاشان شناسي و... را بر عهده دارد كه به صورت سيستم قفسه بستـه و نظام رده بنـدي LC  كنگـره امريكا ارائـه خـدمات مي نمايد. ضمنا كليه كتابهاي اين مجموعه مجهز به برچسب باركد بوده و كنترل و شلف خواني آنها از طريق دستگاه باركدخوان انجام مي گيرد.