مجموعه كتاب هاي چاپ سنگي شامل 60 جلد مي باشد كه به دليل انحصار، قدمت،  نوع چاپ و نفاست علمي و هنري در مجموعه بخش مرجع نگهداري مي شود.
كتابهاي چاپ سنگي از همان ابتدا با شناسائي آنها توسط متخصصين، آماده سازي شده و اين كتابخانه با بهره گيري از تجهيزات رايانه اي و اسكن از كتابها، مسئوليت خطير حفاظت و نگهداري از اين ذخاير و گنجينه هاي ماندگار فرهنگي را برعهده دارد.
برخي از نسخه هاي اين بخش عبارتند از:

•     شكرستان (ديوان هماي شيرازي) ، سراينده هماي شيرازي، طبع 1320 هجري قمري، مطبعه آقا سيد مرتضي،‌ قطع رحلي

•     كتاب مجموعه البلاغه آداب ناصري (شعر)، سراينده محمد ابراهيم خان صديق خلوت متخلص به خلوتي، طبع 1322هجري قمري، مطبعه آقا ميرزا علي اصغر و آقا ميرزا عبدالرحيم، قطع رقعي

•     معراج السعاده، ملا احمد نراقي، طبع 1327هري قمري، مطبعه حاج محمد علي علمي و علي اكبر علمي، قطع رحلي

•     زادالمعاد (ادعيه)، مولف ملا محمدباقر مجلسي، طبع 1293 هجري قمري، مطبعه آقاميرزا جعفر، خط محمدصادق الحسني ابن ابوالقاسم